chore: persist memories and excerpts under knowledge/ instead of .claude/

Move documented and skill paths to knowledge/memories and knowledge/files
(project root, mappable to @knowledge) to reduce sandbox issues on .claude/.
Update CLAUDE.md memory protocol, update-mykb-* skills, and settings.local.json
bootstrap check for core.json.

Made-with: Cursor

.claude/skills/update-mykb-files/SKILL.md

@@ -1,7 +1,7 @@
 ---
 name: update-mykb-files
 description: |
-  Local filesystem RAG-style retrieval: user path, @ files, or workspace—no fixed KB root; prefer data_structure.md then grep/limited Read; PDF/Excel only after this skill's references. Save reusable clips to project .claude/files/; one-line pointers in memories via update-mykb-memories. Sandbox/permissions apply.
+  Local filesystem RAG-style retrieval: user path, @ files, or workspace—no fixed KB root; prefer data_structure.md then grep/limited Read; PDF/Excel only after this skill's references. Save reusable clips to project knowledge/files/ (Cursor @knowledge); pointers in knowledge/memories via update-mykb-memories. Avoid writing under .claude/ when restricted.
   Triggers: update-mykb-files; 检索/查资料/找文件/在某目录/摘录/存档; local search, find in folder, read my PDF, grep project, save excerpt, knowledge base on disk.
 ---
 
@@ -17,19 +17,19 @@ description: |
 - **检索根目录怎么定**（优先级）：
   - 用户在对话里**写明路径**（最优先）。
   - 否则从上下文推断：`@` 引用、已打开文件所在目录、问题中的路径、当前工作区根等；推断仍模糊时**追问用户**，勿臆造目录。
-  - **读与写分离**：读的是上面确定的任意路径；**摘录落盘**默认写到**当前项目**下的 `.claude/files/`（见下文），勿与「被读的资料目录」混为一谈。
+  - **读与写分离**：读的是上面确定的任意路径；**摘录落盘**默认写到**当前项目**下的 `knowledge/files/`（见下文；可用 `@knowledge`），勿与「被读的资料目录」混为一谈。
 - 单个业务文件可能很大：
   - 不要直接用 Read 读取整文件
   - 对 PDF、Excel 使用对应 Skill 进行结构化处理后，再结合 grep/局部读取做精细检索
 
-## 摘录池：`.claude/files/`
+## 摘录池：`knowledge/files/`
 
-- **用途**：在日常对话或阅览任意被检索文件时，若出现**以后还可能引用**的内容（定义、结论、命令、表格摘要、长引用片段），写入当前项目下的 `.claude/files/`，便于后续用 Grep/Read 复用；**不要**把整本 PDF/整表原样拷入，优先摘要 + 来源路径。
-- **与 update-mykb-memories 分工**：极短、稳定的事实与偏好写入 `.claude/memories/`（见 skill `update-mykb-memories`）；**较长说明、摘录、结构化笔记**放 `.claude/files/`。
-- **路径**：根目录为仓库内 `.claude/files/`（不存在则创建）。可选子目录：`clips/`（原文摘录）、`notes/`（整理笔记）、`exports/`（脚本导出的小文件）。
+- **用途**：在日常对话或阅览任意被检索文件时，若出现**以后还可能引用**的内容（定义、结论、命令、表格摘要、长引用片段），写入当前项目下的 `knowledge/files/`，便于后续用 Grep/Read 复用；**不要**把整本 PDF/整表原样拷入，优先摘要 + 来源路径。
+- **与 update-mykb-memories 分工**：极短、稳定的事实与偏好写入 `knowledge/memories/`（见 skill `update-mykb-memories`）；**较长说明、摘录、结构化笔记**放 `knowledge/files/`。
+- **路径**：根目录为仓库内 `knowledge/files/`（不存在则创建；父级 `knowledge/` 与 Cursor `@knowledge` 对应）。可选子目录：`clips/`、`notes/`、`exports/`。
 - **命名**：`YYYY-MM-DD_<主题简写>.md` 或 `<domain>_<topic>.md`；单文件控制体量，必要时拆篇。
 - **内容建议**：每条摘录开头用简短元信息（来源文件/URL、日期、一两句用途），正文用 Markdown；避免敏感凭证。
-- **检索**：回答后续问题时，若与已存摘录相关，可对 `.claude/files/` 做 Grep 或 Read，与对原始资料的检索同一套渐进式原则。
+- **检索**：回答后续问题时，若与已存摘录相关，可对 `knowledge/files/` 做 Grep 或 Read，与对原始资料的检索同一套渐进式原则。
 
 ### 定位检索根目录与存在性
 
@@ -151,7 +151,7 @@ description: |
 
 - 禁止用 Glob 的「有无匹配文件」代替目录存在性判断；目录是否存在应通过 shell（如 `test -d`）检查。
 - 使用本 skill 做本地文件检索时，禁止使用网络搜索等其他工具替代磁盘上的资料
-- 若用户明确要求「记住」且是**短事实**，交给 **update-mykb-memories**；若需保存**可检索的长摘录**，写入 `.claude/files/`（见上文）。
+- 若用户明确要求「记住」且是**短事实**，交给 **update-mykb-memories**；若需保存**可检索的长摘录**，写入 `knowledge/files/`（见上文）。
 
 ## 针对不同文件类型的具体策略