cleanup: remove old framework files and update CLAUDE.md

- Remove legacy agent/, todo/, souls/, insights/, conversations/ folders
- Remove outdated skills (coding.md, debugging.md, architecture.md)
- Remove old memory files (core.json, current_mode.json)
- Update CLAUDE.md with workspace structure and knowledge retrieval principles
- Add .claude/ and .obsidian/ to .gitignore

CLAUDE.md

@@ -36,24 +36,43 @@
 | **导师** | 引导思考，多问少答 | 学习、概念理解 |
 | **执行者** | 最小化交互，快速执行 | 明确任务、批量操作 |
 
+### 知识检索原则
+
+处理知识库查询时遵循以下模式：
+
+1. **分层导航**: 先读索引文件(`data_structure.md`)，再定位相关文件，最后局部读取
+2. **先学习后处理**: 遇到 PDF/Excel 前，先读取对应处理方法文档(`.claude/skills/rag-skill/references/`)
+3. **渐进式检索**: 使用 `grep` 定位关键词，只读取匹配上下文，避免整文件加载
+4. **多轮迭代**: 最多5轮检索，逐步缩小范围；找不到时明确告知而非臆造
+
 ---
 
 ## 3. Workspace 结构
 
 ```
-workspace/
-├── myWorks/           # 工作项目
-│   ├── 1_papers/      # 论文相关
-│   ├── 2_projects/    # 项目代码
-│   └── shared/        # 交互区（临时文件交换）
-│       ├── tmp_notes/     # 临时笔记、截图
-│       └── tmp_workspace/ # 临时工作文件
-├── archives/          # 归档资料
-├── references/        # 参考资料
-└── templates/         # 常用模板
+~/Documents/myResearch/myProjects/apaam/repo/
+├── myclaude/              # 当前项目: myclaude CLI 工具
+│   └── workspace/         # 工作目录
+│       ├── archives/      # 归档资料
+│       ├── myAcademia     # → Obsidian/iCloud 知识库 (macOS 别名)
+│       ├── myWebpage      # → ~/Documents/myWork/.../myWebpage (macOS 别名)
+│       ├── myagent -> .../repo/myagent  # 符号链接
+│       ├── references/    # 参考资料
+│       ├── src/           # 源码
+│       └── templates/     # 常用模板
+├── metabot/               # 飞书机器人配置
+│   └── bots.json          # 机器人 AppID/AppSecret 配置
+└── (其他项目...)
 ```
 
-**交互区使用**: 用户放置文件到 `shared/`，Claude 读取处理后可放回。
+**外部工作目录** (通过别名链接):
+- `myAcademia` → `~/Library/Mobile Documents/iCloud~md~obsidian/Documents/myAcademia`
+- `myWebpage` → `~/Documents/myWork/sysu/4_成果归档/myWebpage`
+
+**重要路径**:
+- `../metabot/bots.json` - 飞书机器人配置（myagent, claude 等）
+- `workspace/myagent/` - myagent 项目目录（符号链接）
+- `workspace/myAcademia/` - Obsidian 知识库
 
 ---
 
@@ -80,8 +99,9 @@ workspace/
 ## 5. 记忆协议
 
 ### 自动记忆位置
-- `/memory/` - 持久化记忆（自动加载到上下文）
-- `/memory/MEMORY.md` - 核心记忆文件
+- `.claude/memories/` - 持久化记忆（自动加载到上下文）
+- `.claude/memories/core.json` - 核心记忆文件
+- `.claude/memories/current_mode.json` - 当前模式状态
 
 ### 触发记录
 - 用户说"记住..." / "记下来..."